1941年，广西省政府将南宁、梧州、桂林3个省立医药研究所合并，改称广西省立医药研究所。当年冬，创建附属医院，命名为“广西省立中医院”，院址设在南宁市繁华的中山路中段，当时医院面积仅100平方米，设病床15张。 1944年，因日军侵占南宁而撤到田阳县那坡镇。 1945年夏回迁南宁，“广西省立医药研究所”改名为“广西南宁高级中医职业学校”，这是当时中国唯一一所公立中医学校，医院也同时改名为广西省立南宁高级职业学校附属医院。 1948年，广西南宁高级中医职业学校因国内战争而停止招生。 1949年底，附属医院暂停运营，人员疏散，医院搬迁到新华街的民房暂时挂牌，设岗留守。 1950年初，医院由南宁市军事管制委员会接管，陆续召回部分医务人员，因学校停办，医院恢复了“广西省立中医院”原名。 1953年，改名医院为广西省人民中医院，设有中医内科、中医外科和针灸科门诊。 1954年，医院归属省卫生厅管辖。 1955年9月，迁至共和路122号（原省立医院门诊部），增设留医部，设有综合病房，开放床位20余张，职工增至110余人，同时成立了党支部。 1956年9月，南宁中医学校（广西中医学院）成立，作为学校实际上的附属医院，借此春风，医院吸收了一大批在社会上有一定声誉的名中医来院工作，从此开始奠定了在广西中医医疗机构的龙头地位。 1958年秋，广西壮族自治区成立后，医院定名为广西壮族自治区人民中医医院，医院再次扩建并搬迁到建政路一里1号（现东葛路医院第一生活区），建筑总面积6922平方米，病床数增加到113张，年住院病人数600多人次。 1963年，医院改名为广西中医专科学校附属医院。 1964年，医院改称为广西中医学院附属医院。 1970年，定名为广西中医学院第一附属医院。 1980年，医院扩建搬迁现址，同年医院门诊楼启用，护理部成立。全院设病床286张，职工504人（含护校26人）。 1982年，外科楼启用，针灸科病房成立。 1985年，高干病房启用，护校从医院脱离。 1987年，内科大楼启用。成立病理科、急诊科。全院共设病床427张，职工638人。 1988年，推拿科病房成立。 1989年，成立了党委、纪委。 1990年，五官科病房成立。全院共设病床501张，职工710人。曾宜敬、周基邦、李士桂、黄荣活四人被授予“全国名老中医专家”称号。 1991年，综合楼启用，成立质量控制办公室。 1992年，恢复广西壮族自治区中医医院名称，购置第二生活区土地13亩。 1994年，制剂楼建成投产，为医院的中医药特色发展提供充足的后劲。 1995年，通过了国家“三级甲等中医医院”评审。同时与广西中医学院医疗系实行院系合一，设置有10个教研室。 1996年，购置仙葫开发区土地21亩，为医院的再次腾飞做好准备。特色医疗健康中心成立。 1998年，医技楼启用。 1999年，仁爱分院正式开业。 2001年，挂牌“广西中医学院第一临床医学院”，医院同时使用三个名称：广西中医学院第一附属医院、广西中医学院第一临床医学院、广西壮族自治区中医医院。开放病床630张，年门诊量85万人次，住院病人1万余人次。 2003年，新增广西红十字会中医医院院名。 2004年，医院控股投资的广西元之源健康产业有限公司成立。住院综合楼全面开工。 2005年，全国首家“经典研究所”成立。 2007年，我院住院综合大楼落成并投入使用，被广西建设厅评为“广西节能第一楼”的住院大楼现代气息和传统文化相结合，使医院的医疗、科研、教学环境和资源得到了质的提升，编制病床数增至1100张。 2008年，顺利启用“广中医就诊卡”、“LIS检验实验室信息管理系统”。 2009年，原外科楼改造为住院北楼，内科楼改造为新门诊楼，医院本部医疗区布局改造基本完成，医院病床数达到了1350张。 2010年，仙葫分院建设项目获得自治区发展和改革委员会的立项批复，并被列入了“广西2011年国民经济和社会发展计划”，获得了自治区本级预算内基本建设投资。 2011年，医院获得国家全科医生培养基地建设项目，脑病科、肝病科、中医心血管内科等3个专科获国家临床重点专科。“广西壮瑶医院”初步拟定落户在我院的仙葫分院，医院本部旧门诊楼拆除改建的工作也正在筹备进行。